フローサイトメトリーで使用可能な蛍光色素はたくさんあります。その数は増え続けており、このガイドではそのすべてを取り扱いません。 バイオ・ラッドの抗体Webサイト(英語版:bio-rad-antibodies.com)で取り扱っている蛍光色素を、表に示しました。新しい蛍光色素は次々に追加されますので、最新のフローサイトメトリー製品をWebでご確認ください。

単一色素(Single Dyes)

単一色素には、FITC、PE、APC、PerCPなど長年使用されているものの他に、Alexa Fluor色素など比較的最近開発された、より光安定性が高く、より明るい蛍光を発するものなどがあります。さらに近年では、短波長のレーザーが以前よりも安価になったため、355nmや405nmレーザーで励起される色素が開発され、マルチカラー実験の選択肢が増えています。

タンデム蛍光色素(Tandem Dyes)

タンデム蛍光色素は、特定の蛍光色素に別の小さな蛍光色素を共有結合したものです。 第一の蛍光色素（ドナー分子）が励起されると、そのエネルギーが第二の蛍光色素（アクセプター分子）に移動します。 これにより、第二の蛍光色素が励起され、蛍光を発します。 このプロセスは、フェルスター共鳴エネルギー移動（FRET:Förster resonance energy transfer*）と呼ばれます。 これは、より大きなストークスシフトを得るための巧妙な方法であり、これにより、一つのレーザー波長から解析できる色の数を増やすことができます。

*:FRETは以前蛍光共鳴エネルギー移動（Fluorescence resonance energy transfer）の略称とされていたが、IUPACよりFRETではドナーとアクセプター間で蛍光が伴わないため、正しい名称とは言えず、発見者のTheodor Försterの名を取って略称とすることが推奨されている。(https://goldbook.iupac.org/html/F/FT07381.html)

タンデム蛍光色素の大部分は、多くのフローサイトメーターで搭載されている488nmおよび640nmレーザー用に開発されています。 タンデム蛍光色素は、マルチカラー蛍光実験、特に単一色素との組み合わせにおいて非常に有用です。 例えば、Alexa Fluor 488、フィコエリスリン（PE）、ペリジニンクロロフィルタンパク質（PerCP）-Cy5.5およびPE-Texas Redは、いずれも488nmで励起されますが、それぞれ緑色、黄色、赤色および赤外線光を発しますので、別々の検出器で測定できます。

StarBright Dyes

StarBright Dyesは、フローサイトメトリー用に開発された独自の蛍光ナノ粒子です。StarBright Dyesは、明るく、光安定性があり、励起および発光プロファイルが狭く、マルチカラー化する場合でも専用のバッファーは不要です。488nmと405nmのレーザーに対応した7種類の色素がすでに発売されており、今後さらに多くの色素が発売される予定です。これらの新しい色素により、マルチカラーパネルを構築する際の選択肢が広がり、柔軟性が増します。StarBright Dyesについて詳しくはリンク先情報（日本語版サイト）をご覧ください。

蛍光タンパク質(Fluorescent Proteins)

GFP（Green Fluorescent Protein）のような蛍光タンパク質は、多くの科学分野においてタンパク質機能解析のための不可欠なツールです。 mCherryやYFP（Yellow Fluorescent Protein）などの他の蛍光タンパク質もまた、フローサイトメトリー解析およびセルソーティングに広く使用されています。 蛍光タンパク質は、多くの場合、目的のタンパク質と共発現させるか、融合タンパク質として発現させます。 これらの蛍光タンパク質の利点は、細胞膜の透過処理を必要とせずに、生きた細胞内の分子を解析できることです。 一般的な蛍光タンパク質を表4に示します。

Alexa Fluor®, Texas Red and Pacific Blue™ are trademarks of Molecular Probes Inc, USA
DyLight® is a trademark of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries
Cy is a trademark of GE Healthcare group companies.