細胞表面分子の発現に加えて、細胞の活性化状態やシグナル伝達カスケードの測定は重要です。 フローサイトメトリーを用いて、個々の細胞の特定の時点でシグナル伝達を迅速かつ効果的に測定することができます。

シグナル伝達分子やリン酸化タンパク質を検出するための染色方法は、通常の細胞内染色とは異なり、特定のコントロールが必要です。 通常、脱リン酸化を避けるために細胞を迅速に固定する必要があり、核膜の透過性を確実にするため、より強い透過処理が必要とされます。 細胞周期の染色と同様に、固定と透過処理は細胞表面分子の染色性が変化する可能性があります。例えばEDTAにように、シグナル伝達を妨害する可能性があるため使用される試薬にも注意が必要です。

シグナル伝達は、カルシウムの変化に応答して蛍光を発する色素を用いて測定することができます。 通常、細胞にindo-1 のような色素を添加してシグナル伝達のベースラインレベルを確認し、その後に刺激します。 蛍光の変化は、細胞内カルシウムレベルの変化を示します。