このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。
SNP、DNAメチル化や種同定のようなアプリケーションに対してHRM(High Resolution Melt)解析は、リアルタイムPCRシステムを使って非常に簡単に行うことができるようになってきました。EvaGreenなどのインターカレーションダイでプライマーのみを用いる方法ですので、手軽にかつ低コストで一度に多くのサンプルのスクリーニングが可能です。
そのHRM解析では、Melt Curveでのパターンの違いにより塩基配列の区別を行いますが、いくつかの注意すべきポイントがあります。まずPCRを実行することになりますが、ここでPCR自体で良質なプライマーを用意することが重要です。具体的には増幅効率が90-105%であることなどです。
またプロトコールの違いやPCR産物の長さなどによりHRM解析の結果に影響してきます。これらに関して詳細は、技術資料(Bulletin 6009)で紹介しておりますので、ご参照ください。