フローサイトメトリーでは、最初に同定するのは目的とする細胞集団です。 前方散乱光および側方散乱光の特性、さらに側方散乱に加えて、CD45などのマーカーを用いて細胞集団を同定します。 その後で、陰性集団の場所も特定する必要があります。 これを行うには、染色されていないサンプルを使用する必要があります。 これにより、バックグラウンド蛍光または自家蛍光のレベルが分かり、適切にPMT検出器の電圧とネガティブゲートを設定することができます。

図19.無染色コントロール (Unstained controls)
無染色リンパ球（A）を用いることで、陰性集団のバックグラウンド自家蛍光を求め、CD4（MCA1267A647）およびCD8（MCA1226F）で染色した細胞（B）を可視化した。